Restos arqueológicos encontrados en la zona hacen pensar que este lugar estuvo habitado por el pueblo íbero. También han sido encontrados vestigios del Imperio Romano, como algunas monedas y un busto del emperador Trajano. Durante la época árabe cobró gran importancia al estar situado estratégicamente entre los reinos de Granada y Jaén. Fue conquistada por los cristianos en 1486, dándose numerosas escaramuzas entre las tropas en los alrededores. Más adelante fue distinguida con el nombramiento de villa, y otorgada al maestre de campo Fernán Sancho del Cañaveral. Éste fundó en su territorio el mayorazgo de Benalúa y dio origen a uno de los títulos nobiliarios más significativos de la historia de la provincia, el de los condes de Benalúa, uno de cuyos miembros más ilustres, el duque de San Pedro Galatino, promovió en las primeras décadas del siglo XX algunas de las obras arquitectónicas y de ingeniería más representativas de Granada, como el hotel Alhambra Palace, el ya desaparecido tranvía de Sierra Nevada o la carretera al pico Veleta. Durante algunos años, Benalúa de las Villas sufrió una despoblación masiva hasta que fue ocupada por colonos procedentes de otras partes del reino.
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